[ Une approche d'identification moléculaire des souches d'actinomycètes productrices d'activités antimicrobiennes par séquençage de l'ADNr 16S ]
Volume 3, Issue 4, August 2013, Pages 1053–1065
Elarbi BOUSSABER1, Sidi Brahim Salem EL IDRISSI2, Issam MEFTAH KADMIRI3, Lahoucine HILALI4, and Abderraouf HILALI5
1 Laboratoire d'Agroalimentaire et Santé Université Hassan 1er, Faculté des Sciences et Techniques, Settat, Morocco
2 Laboratoire de polymères, rayonnement et environnement Université Ibn Tofail, Faculté des Sciences, Kenitra, Morocco
3 Unité de biotechnologie Moroccan Foundation for Advanced Science, Innovation and Research, Rabat, Morocco
4 Laboratoire d'Agroalimentaire et Santé Université Hassan 1er, Faculté des Sciences et Techniques, Settat, Morocco
5 Laboratoire d'Agroalimentaire et Santé Université Hassan 1er, Faculté des Sciences et Techniques, Settat, Morocco
Original language: French
Copyright © 2013 ISSR Journals. This is an open access article distributed under the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
This work is a part of research of rare Actinomycetal bacteria producing antimicrobial substances that may be used in agricultural, food and pharmaceutical fields. Among the 77 strains of actinomycetes isolated from different types of Moroccan ecosystems, 25 were selected according to their biological activity for molecular identification by sequencing the 16S rDNA fragment. After DNA extraction from isolates, amplification of 16S rDNA fragments by PCR technique (Polymerase Chain Reaction), sequencing of the amplified fragments and comparison of characteristic sequences obtained with the contents of a database and phylogenetic studies using special programs were used to develop phylogenetic trees of the twenty-five isolates. The results Analysis showed the taxonomic affiliation of all isolates to the genus Streptomyces and assign each of them to one or more species. This shows the abundance of this kind in relation to others in the studied ecosystems. While the absence of other types of actinomycetes can be explained either by the absence of these genera in these ecosystems, or by the isolation techniques used, or by the fact that microbial population in the sample is non-culturable. Thus, in the last case, the confirmation of the presence of other types in these ecosystems could be performed by amplification of the 16S rDNA PCR from DNA mixture obtained directly from samples.
Author Keywords: Molecular identification, Sequencing, RDNA, Phylogenetic trees, Streptomyces.
Volume 3, Issue 4, August 2013, Pages 1053–1065
Elarbi BOUSSABER1, Sidi Brahim Salem EL IDRISSI2, Issam MEFTAH KADMIRI3, Lahoucine HILALI4, and Abderraouf HILALI5
1 Laboratoire d'Agroalimentaire et Santé Université Hassan 1er, Faculté des Sciences et Techniques, Settat, Morocco
2 Laboratoire de polymères, rayonnement et environnement Université Ibn Tofail, Faculté des Sciences, Kenitra, Morocco
3 Unité de biotechnologie Moroccan Foundation for Advanced Science, Innovation and Research, Rabat, Morocco
4 Laboratoire d'Agroalimentaire et Santé Université Hassan 1er, Faculté des Sciences et Techniques, Settat, Morocco
5 Laboratoire d'Agroalimentaire et Santé Université Hassan 1er, Faculté des Sciences et Techniques, Settat, Morocco
Original language: French
Copyright © 2013 ISSR Journals. This is an open access article distributed under the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
Abstract
This work is a part of research of rare Actinomycetal bacteria producing antimicrobial substances that may be used in agricultural, food and pharmaceutical fields. Among the 77 strains of actinomycetes isolated from different types of Moroccan ecosystems, 25 were selected according to their biological activity for molecular identification by sequencing the 16S rDNA fragment. After DNA extraction from isolates, amplification of 16S rDNA fragments by PCR technique (Polymerase Chain Reaction), sequencing of the amplified fragments and comparison of characteristic sequences obtained with the contents of a database and phylogenetic studies using special programs were used to develop phylogenetic trees of the twenty-five isolates. The results Analysis showed the taxonomic affiliation of all isolates to the genus Streptomyces and assign each of them to one or more species. This shows the abundance of this kind in relation to others in the studied ecosystems. While the absence of other types of actinomycetes can be explained either by the absence of these genera in these ecosystems, or by the isolation techniques used, or by the fact that microbial population in the sample is non-culturable. Thus, in the last case, the confirmation of the presence of other types in these ecosystems could be performed by amplification of the 16S rDNA PCR from DNA mixture obtained directly from samples.
Author Keywords: Molecular identification, Sequencing, RDNA, Phylogenetic trees, Streptomyces.
Abstract: (french)
Ce travail se situe dans un cadre de recherche des bactéries actinomycétales rares productrices des substances antimicrobiennes susceptibles d'être utilisées dans des domaines agricoles, alimentaires ou pharmaceutiques. Parmi les 77 souches d'actinomycètes isolées de différents types d'écosystèmes marocains, 25 ont été sélectionnées selon leurs activités biologiques pour une identification moléculaire par séquençage du fragment d'ADNr 16S. Après l'extraction d'ADN à partir des isolats, l'amplification des fragments d'ADNr 16S par la technique de la PCR (Polymerase Chain Reaction), le séquençage des fragments amplifiés et la comparaison des séquences caractéristiques obtenues avec le contenu d'une base de données, des études phylogéniques utilisant des programmes spéciaux ont permis d'élaborer les arbres phylogéniques des vingt-cinq isolats. L'analyse des résultats obtenus a montré l'appartenance taxonomique de tous les isolats au genre Streptomyces et a permis d'assigner chacun d'eux à une ou plusieurs espèces. Cela montre l'abondance de ce genre par rapport aux autres dans les écosystèmes étudiés. Alors que, l'absence des autres genres d'actinomycètes pourrait être expliquée, soit par l'absence de ces genres dans ces écosystèmes , soit par les techniques d'isolement utilisées, ou bien par le fait que la population microbienne dans les échantillons est non cultivable. Ainsi, dans ce dernier cas, la confirmation de la présence des autres genres dans ces écosystèmes pourrait être effectuée par l'amplification de l'ADNr 16S par PCR à partir du mélange d'ADN obtenu directement d'échantillons.
Author Keywords: Identification moléculaire, Séquençage, ADNr, Arbres phylogénétiques, Streptomyces.
How to Cite this Article
Elarbi BOUSSABER, Sidi Brahim Salem EL IDRISSI, Issam MEFTAH KADMIRI, Lahoucine HILALI, and Abderraouf HILALI, “A molecular approach to the identification of actinomycetes producing antimicrobial activities strains by sequencing of the 16S rDNA,” International Journal of Innovation and Applied Studies, vol. 3, no. 4, pp. 1053–1065, August 2013.
